根据”中心”建设的总目标与规划，已建成了“一个组织机构、两个研究室、一个中试基地和三个研发团队”。农副产品蛋白质饲料资源教育部工程研究中心的组织结构图如下：

（1）一个组织机构：依托武汉工业学院的重点学科群和科研平台基地，优化整合资源，建成了相对独立的“农副产品蛋白质饲料资源教育部工程研究中心”。

“中心”成立了工程技术委员会。技术委员会负责审议”中心”的发展方向、研发计划，评议“中心”工程技术水平、项目质量，审议“中心”年度工作报告，提供技术经济咨询和市场信息等。

“中心”下设综合办公室、技术研发部与开发部。综合办公室负责处理中心日常事务，负责文书，档案管理，协调各部门间的关系和统一对外联系，组织开展学术交流，人才培训等。技术研发部负责组织和开展工程化项目和技术的研究。开发部负责从事技术及产品信息服务，即技术成果转化、推广、技术咨询、技术服务，产品及技术成果转化的产业化，产品的市场策划与营销。

（2）两个研究室：组建了蛋白质饲料转化技术研究室和新型饲用蛋白源应用技术研究室。完成了大米（浓缩）蛋白、菜籽浓缩蛋白、微生物发酵蛋白白饲料、血浆蛋白粉和血球蛋白粉等饲用蛋白的产业化开发与应用示范。

（3）一个中试基地：包含浓缩蛋白中试线和微生物发酵蛋白饲料中试线等2条。合作共建企业有湖北华益油料科技股份有限公司、武汉佳宝糖业有限公司、武汉英华佳美生物技术有限公司和湖北邦之德牧业科技有限公司等。

   （4）三个研发团队。建成了一流的技术创新与系统集成队伍，人数总规模达到66人，其中校内固定人员47人，客座特职人员客座专家4人，企业技术人员15人。